La Révolution française abolit la société de privilèges fondée depuis le Moyen-âge. Les ordres du clergé, de la noblesse et du tiers état disparaissent au profit d'une société où l'individu prime. La monarchie absolue est progressivement remplacée par la Première République. Elle a permis d'élaborer la Déclaration des droits de l'homme et du citoyen et instaure le principe d'égalité et de liberté pour tous les individus. La Révolution a créé des divisions dans le peuple français, entre les partisans des idées révolutionnaires et les défenseurs de l'ordre ancien. La Constitution civile du clergé transforme les membres du clergé en fonctionnaires salariés par l'État. Les prêtres doivent prêter serment et certains, les prêtres réfractaires, vont s'y opposer. Ce refus de prêter serment conjugué à la levée des trois cent milles hommes en février 1793 va aboutir à de violents affrontements. La Vendée se soulève en mars 1793. La loi se durcit et conduit à déclarer également suspects les défenseurs de l'ordre ancien ainsi que les émigrés ayant trouvé refuge dans les royaumes d'Europe. La levée des trois cent milles hommes imposée par décret du 24 février 1793 constitue l'étincelle qui enflammera toute la Vendée en mars 1793. Les paysans, "les Blancs" se constituent au fur et à mesure en troupes de l'Armée catholique et royale et combattent les troupes républicaines, "les Bleus". Noirmoutier, de par sa position dominante sur l'estuaire de la Loire, est très vite convoitée par les Blancs. Elle passera tour à tour entre les mains des Blancs et des Bleus, à trois reprises en seulement deux ans jusqu'au début du mois de janvier 1794, où le général royaliste, Maurice d'Elbée, est exécuté sur la place devant le château. De janvier à août 1794, les commissions militaires se déroulent à Noirmoutier. Elles constituent l'un des symboles de la Terreur, non seulement sur l'île mais dans la France entière. Elles ont jugé des milliers de personnes accusées d'être des ennemis de la Liberté et ont fait exécuter plus de 1800 de ces royalistes sur l'île. Le 24 janvier, le château devient la maison d'arrêt du district de Challans et l'île se transforme peu à peu en prison jusqu'au début de l'année 1795. A compter de 1795, la guerre de Vendée commence à s'essouffler. Les troupes, déjà mobilisées depuis deux ans s'épuisent. La France connaît également un climat nouveau propice à des accords de paix. Les premières tentatives menées en février 1795 permettent d'aboutir au Traité de la Jaunaye, mais, certains royalistes s'y opposent et la guerre finit par reprendre durant l'été. Il faut attendre le traité de Monfaucon pour voir la paix revenir en Vendée.